Ingénieur.e analyse de données de séquençage haut débit Bio-info (H/F)

Description

La plateforme Génomique et Bioinformatique Marseille (GBiM) est une plate-forme de service, qui réalise des prestations de séquençage génomique, transcriptomique et épigénétique à la fois pour les équipes de recherche de l'unité et pour des partenaires extérieurs, académiques ou privés. L'objectif est de soutenir et de dynamiser les projets de génomique développés par les partenaires, en apportant un soutien scientifique et technologique tant au niveau de la conception expérimentale que des étapes d'analyse/interprétation. La plate-forme propose également le développement d'approches de séquençage innovantes.
Cette plateforme est placée sous la direction scientifique de Valérie Delague, directrice de la recherche Inserm (DR2) et d'un/une ingénieur.e de recherche bi informaticien.
Les services proposés par la plateforme incluent le séquençage à haut débit de troisième et quatrième génération, et les services de bioinformatique associés. De manière non- exhaustive, les services proposés en NGS sont :
- génomique : séquençage exome entier, exome ciblé, séquençage des amplicons, et toute technologie DNA-Seq qui pourrait être développée. Nous proposons du séquençage short-read (Illumina) et long-read (Oxford Nanopore)
- transcriptomique: RNA-Seq (Bulk, single cell et spatial, mRNA, total ou ciblé, miRNA, etc.) pour toutes les espèces
- épigénomique: ChIP-Seq, séquençage bisulfite, séquençage long-read (DNA ou RNA)
- bioinformatique: l'analyse comprend systématiquement le traitement des données primaires, et, selon les projets, des analyses supplémentaires, comme la recherche de variants, de CNV ou l'identification des gènes/transcrits différentiellement exprimés, la recherche des anomalies d'épissage, l'analyse du « dark genome ».pour des variants de type expansion de nucléotides, deep introniques, etc.
Notre « marque de fabrique » consiste à accompagner les chercheurs/clients dans leurs projets en leur proposant des solutions sur mesure, parfois pour des échantillons difficiles ou dans le cadre de problématiques complexes.
Description du poste:
Missions
L'ingénieur.e recruté.e rejoindra la plateforme Génomique et Bioinformatique Marseille (GBiM) du laboratoire. Au sein de l'équipe, l'ingénieur(e) en bioinformatique réalisera le recueil des données, les analyses et traitements adaptés, et leur mise à disposition auprès des différentes équipes/partenaires. Plus précisément, il s'agira de :
- Interagir avec les différents partenaires impliqués dans l'étude des maladies génétiques humaines.
- Analyser les données de NGS produites par la plateforme de génomique et transcriptomique.
- Mettre en forme et présenter les résultats auprès de chaque investigateur en interne, et en externe dans le cadre de collaborations.
- Discuter les résultats avec les équipes.
- Effectuer une veille technologique dans le domaine du NGS.

Savoir-être professionnels :

• Avoir l'esprit d'équipe
• Organiser son travail selon les priorités et les objectifs
• Faire preuve de rigueur et de précision